二者的差别如下：
1.学习形式不同，长线自考主要是考生自学，也可选择助学单位辅助学习;短线自考一般要在经省考委评审通过的高等院校报读相关专业，学习时间地点相对集中。
2.学籍管理不同，长线自考考生只需在县区自考办报名即取得考籍，短线考生则在报考院校报名后，学籍档案在省教委备案。
3.考试时间不同，长线自考由省考办在每年的一、四、七、十组织四次考试，可重复报考，无合格时间限制(本科学位申请有特殊要求的除外);短线自考在每学期期末考试，不及格者可参加补考。
4.考试及命题方式不同，长线自考由全国考委和省自考委联合出题制卷;短线自考科目设置分为统考课程和校考课程两类，统考课程由自考委组织命题和考试，校考课程由学校命题考试。
5.收费项目和标准不同，长线自考报考费用全省统一;短线自考收费根据主办院校专业设置及开办情况按相关标准进行收费，由于要占用学校教学资源，费用一般比长线要高。